Первым замруководителя Москонтроля назначен Иван Аксенов. В последнее время руководство ведомства кардинально изменилось. Экс-глава Москонтроля Александр Рябинин, против которого было возбуждено уголовное дело, был освобожден от должности в сентябре. После этого был назначен на пост руководителя Владимир Шукшин, который позже стал заместителем мэра Москвы. Сейчас контрольный комитет города возглавляет Егор Поляков.