1988 — окончила экономический факультет Воронежского государственного университета по специальности «Планирование промышленности». Начала свою трудовую деятельность в Научно-исследовательском институте по проблемам Курской магнитной аномалии (НИИКМА) им. Шевякова.

С 1993 по 2003 годы работала в должности главного бухгалтера, финансового директора в ООО «Системсервис», в сферу деятельности которого входили разработка и внедрение автоматизированных систем управления технологическими процессами.

1997 — присвоена квалификация профессионального бухгалтера — главного бухгалтера, бухгалтера-эксперта, консультанта Института профессиональных бухгалтеров России при Министерстве финансов РФ.

1997-2012 — прошла путь от старшего преподавателя до профессора кафедры «Экономика и менеджмент» СТИ МИСиС.

2002 — защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук.

2004-2007 — заместитель директора СТИ МИСиС по финансово-экономической деятельности.

2005 — присвоено ученое звание доцента.

2008-2012 — директор Старооскольского технологического института (филиала) Государственного технологического университета «Московский институт стали и сплавов».

2008 — защитила диссертацию на соискание ученой степени доктора экономических наук.

2010 — присвоено ученое звание профессора.

2012 — первый проректор Национального исследовательского технологического университета «МИСиС»; и.о. ректора НИТУ «МИСиС».

С 2013 г. — ректор Национального исследовательского технологического университета «МИСиС».

Под руководством А. А. Черниковой в 2014 году НИТУ «МИСиС» вошел в число лучших вузов мира по версии QS World University Rankings, а в 2015 году — по версии THE World University Rankings. В 2017 году университет стал участником предметных рейтингов THE, QS и ARWU сразу по шести направлениям. Сегодня НИТУ «МИСиС» входит в ТОП-200 по материаловедению, в ТОП-100 в категории «Инжиниринг — Металлургия», занимает 30-е место в мире по направлению «Инжиниринг — Горное дело».