Родился в городе Грозный Чечено-Ингушской АССР (ныне Чеченская Республика).

В 1993 году - окончил бакалавриат Российского университета дружбы народов (РУДН) по специальности «Экономика и управление национальным хозяйством».

В 1992 -1993 годах - занимал должность заместителя генерального директора ТОО «БИН».

В 1993-1994 годы – генеральный директор АОЗТ «Промышленно финансовая компания «БИН».

С июня 1994 года - занимал должность начальника управления по организации межбанковских связей и представителей ОАО «Акционерный коммерческий банк (АКБ) «БИН» в регионах.

В сентябре 1994 года - был назначен вице-президентом и избран заместителем председателя правления АКБ «Бин».

В 1995 году - окончил магистратуру РУДН.

В 2000 году – окончил Финансовую академию при Правительстве РФ по специальности «Финансы и кредит».

С сентября 2006 года по март 2008 года – президент ОАО «Бинбанк».

С мая 2008 года – председатель совета директоров ОАО «Бинбанк».

В октябре 2008 года - вновь занял должность президента ОАО «Бинбанк».

В конце мая 2017 года Микаил Шишханов перешел в ПФГ «САФМАР» на должность заместителя председателя совета директоров, сосредоточившись на управлении стратегически важными сферами деятельности Группы. Шишханов также является членом совета директоров промышленных и финансовых активов ПФГ «САФМАР»

Доктор экономических наук. Кандидат юридических наук. Член-корреспондент Российской Академии Естественных Наук (РАЕН).

Является членом Совета Ассоциации Российских Банков и Московского Банковского Союза.

Награжден орденом «Золотая Звезда за Верность России», орденом Сергия Радонежского III степени Русской Православной церкви и Почетным знаком Ассоциации Российских Банков «За заслуги перед банковским сообществом».